石花菜颜色有紫红、 深红或绛紫色, 在受多光的海区生长的往往呈淡黄色 。新鲜的石花菜藻体色泽十分鲜艳 。石花菜藻体直立丛生, 羽状分枝, 互生或对生, 枝呈扁平或亚柱形 。藻体分枝很多, 主枝生侧枝, 侧枝上生小枝, 各种分枝的末端尖形 。整个藻体上部分枝较密, 下部分枝较稀疏 。石花菜藻体的基本构造可分为两部分, 即皮层和髓部 。髓部由数十条平行纵列的长圆柱状细胞所构成 。皮层最外面一层细胞排列紧密, 表面被有厚膜, 细胞内有色素体, 是进行光合作用的场所 。石花菜生长属于顶端生长, 它的每一个分枝的顶端都有一个
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