自1979年建所，至1997年，由于历史原因，省教科所一直只设正副所长，而没有明确的中层机构 。科研人员的科研分工不明晰，职能不稳定，制约了工作的开展，使省教科所的整体效益不高 。1997年新领导班子建立以来，经请示原省教委同意，组建了4个中层部门（办公室、编辑部、教育理论研究室和教育改革研究室）和一个开发部门（开发中心） 。三年的实践证明，中层机构的设立十分必要合理，极大地提高了科研人员的工作效率，使教科所进入了有序发展阶段 。
同时，省教科所加强了对挂靠组织的建设与管理 。山东省教育科学规划领导小组办公室、山东省教育学会、山东省教育发展战略研究室和山东省心理教育研究会均正常开展工作，促进了全省教育科研工作的开展 。
二、人员结构
山东省教育科学研究所现有编制23人，在职人员18人，离退休人员9人，尚缺编5人 。在职人员中，科研人员15人，工人3人；研究员4人，副研究员4人，助理研究员3人，其他4人；博士1人，硕士3人，本科人10人，其他1人；30岁以下2人，31-40岁7人，41-50岁4人，51-60岁2人 。其职称结构、学历结构和年龄结构分别如下图所示 。

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