革兰氏染色原理是通过结晶紫初染和碘液媒染后 ， 在细胞壁内形成了不溶于水的结晶紫与碘的复合物 ， 革兰氏阳性菌遇乙醇或丙酮脱色处理时 ， 不会出现缝隙 ， 因此能把结晶紫与碘复合物牢牢留在壁内 ， 使其仍呈紫色;而革兰氏阴性菌在遇脱色剂后 ， 呈无色 ， 再经沙黄等红色染料复染 ， 就使革兰氏阴性菌呈红色 。其中 ， 染色的差异主要是阴性与阳性细菌细胞壁的差异所引起的 。
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