从科学机理看，抗虫转基因水稻中的Bt蛋白是一种高度专一的杀虫蛋白，只能与特定种类的害虫肠道上皮细胞的特异性受体结合，破坏害虫肠道，造成害虫死亡，人类的肠道细胞是没有该蛋白的结合位点的，因此不会对人体造成伤害 。同时，在主要的营养成分、微量元素含量以及抗营养因子和安全性方面，转基因水稻和普通水稻是没有差别的，都可以放心食用 。
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