在严格按照测量要求的情况下，两者的精准度差不多，如果真的要深究，水银温度计稍微比耳温枪要准那么一点点，但是在温度地反映上可以忽略不计，或者是呈现出0.1℃不到的温度误差 。在一般情况下，用左耳和右耳测出来的体温误差都有0.1℃ 。
传统的水银体温计遇热或安置不当，体温计容易折断，水银则散发出来如果水银体温计在人体中折断，水银蒸气将被人体吸收 。儿童长期接触水银将导致神经损伤，孕妇如果食用被水银污染的鱼将造成胎儿受损，而且测量时间长，耳温枪均克服了以上水银体温计的缺点 。
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