免于刑事处罚是法院已认定其犯罪事实，构成犯罪，只是情节轻微，危害不大，而免于刑事处罚，并不是免除了刑事责任，因此，还是会留有案底的 。免予刑事处罚，只是免除对被告人刑罚而没有免除被告人的刑事责任 。这点从免予刑事处罚的前提必须确认被告人构成犯罪这一条件中就足可得到证明 。在当前的司法实践中，免予刑事处罚虽不具有刑罚的性质和作用，但却是刑罚的必要补充，具有不可替代的法律地位 。
法律依据：
【免于刑事的处罚会留案底吗】《刑法》第三十七条
对于犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚，但是可以根据案件的不同情况，予以训诫或者责令具结悔过、赔礼道歉、赔偿损失，或者由主管部门予以行政处罚或者行政处分 。