U盘在格式化为NTFS时，实际可用容量与其他文件系统形式也有所差别，虽然使用中感受并不是很大 。另外，在格式化U盘时，容量在64G甚至更大规格时，系统识别自动格式化为exFAT与NTFS格式，会便于优盘在不同操作系统电脑上无障碍使用 。
但是，NTFS也有他的缺点，NTFS分区采用“日志式”，因为要记录磁盘的详细读写操作，对U盘这种快闪存储介质会造成较大的负担，比如同样存取一个文件或目录，在NTFS上的读写次数就会比FAT32更多，理论上NTFS格式的U盘比较容易损坏 。并且由于U盘带宽有限，NTFS频繁读写占据通道会让磁盘性能降低 。
总结FAT32与exFAT之间更大的差别在于能否支持4GB及以上容量单个文件的传输、查看与编辑；而FAT系列文件系统与NTFS之间更大的区分在于文件存取的方式，后者长期使用可能会让闪存类存储产品性能降低.
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