而刘宗周对于本体与工夫及其关系的阐释，与朱熹和王守仁这两者都不相同，他主张主体存在于工夫之中，故与两者区分开来 。“先生（刘宗周）曰，不识本体，果如何下功夫，但既识本体，既须认定本体用工夫，工夫愈精密则本体愈昭荧”（《会录》，《刘子全书遗编》卷十三），从引段可以得知，刘宗周对于这二者关系的观点有其独到之处：他摒除了将本体与工夫割裂为二的论调，反对“工夫之外，别有本体”以及“识得本体，则工夫在其中”；主张无工夫则无本体，不存在工夫之外的本体 。
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刘宗周的慎独是本体与工夫的统一，包含着道德原则与道德修养的统一，理性自觉与认识过程的统一 。在道德原则和修养问题上，慎独作为一种自我修养的方法，其最终目的就是倡导君子之学，使人成为君子，成为有高道德水准的品行高尚之人 。“学问吃紧工夫全在慎独，人能慎独，便成为天地间完人”（《刘子全书遗编》卷一），就是说只有通过慎独的自我修养工夫，才可以培养主体高尚的道德以及完善的人格，从而达到做人的最高标准，即“天地间完人” 。后来在其学生黄宗羲处，刘宗周的慎独说被论证，达到两者统一的境地，慎独包含慎、敬、诚，是本体与工夫的统一，“慎、敬、诚即指思想意识和言论行动上自觉的合乎道德原则的修养” 。
不仅如此，慎独学说在刘宗周处还发展至对人的高度理性的培养，也就是塑造主体的理性自觉，因此不仅要获得认识，还要养成精神或意志之上的追求，因此有许多学者从伦理道德和认识论统一的角度来省察刘宗周的学说 。而在将认识论和道德修养工夫相互统一的观点，并非刘宗周之独创，真正有特点的是其学生黄宗羲，他的慎独之学带有发展自我的理论特性，即完善人格和培养人的高度理性自觉 。但其主张仍有时代的局限性，还处于封建伦理之上的“君子”之学 。但即便如此，刘宗周的慎独理论依然是有别于儒者人人所言的慎独 。
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2.理气关系之统一 刘宗周的慎独学说与程朱学派及心学都不相同，是由于他在唯物论性质上构建了理气之统一，他主张“主气为基本，理不离气的理气一元论” 。
“理即是气之理，断然不在气先，不在气之外” 。（《刘子全书》卷十一）因此他认为气乃万物本原，理为气之理，并不在于气以先或于气以外，为“人心一气而已矣”（《刘子全书》卷十二） 。
“一气流行，而理在其中 。”（《刘子全书》卷十二）
“盈天地间皆气也 。其在人心一气之流行，诚通诚复，自然分为喜怒哀乐 。仁义礼智之名，因此而起者 。不待安排品节，自然不过其则，即中和也 。此生而有之，人人如是，所以谓之性善，即不无过不及之差，性体原自周流，不害其为中和之德，学者证得性体分明，而以时保之，即使慎矣，慎之工夫，只在主宰上 。觉有主，是曰意，离意根一步，便是妄，便非独矣 。盖离气无所为理，离心无所为性 。”（《明儒学案》《蕺山学案》卷六十二）由此可见，刘宗周此处的论述是在“离气无理，离心无性”之上 。喜怒哀乐是人之性，而礼义是其体现，同时人心的运行，不会损害合乎自然之理的本性，因此求得性善 。而离开了心，就无所谓性，因此性善的本原是心善，故与理不离气，气中存理的论述是相一致的 。最终，人如果要得证性体分明，也就是认识此种善，并时刻存有它，那便是慎独之意 。
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在刘宗周的理论之下，他同时将“心”与“气”相联系，因此也不完全是在精神及意识之上所具有的含义，此处其对“心”的解释又是物质又是精神，故错混了物质与精神这两者 。他强调只有知道理即是气之理、理不在气之先，才能知道“道心即人心之本心，义理之性即气质之本性” 。由于理是气之理，因而性为气质之性，“气质”指气积聚为一定形体的存在，即积聚为形质的气 。因此性就是一定气质的性，一定气质的理，所以“气质之性”在刘宗周处就被认为是可通的 。
【君子慎独 不欺暗室 卑以自牧 含章可贞什么意思 君子慎独】他认为，人或者物并不具有二性，只有一气质之性，就是使人或者物形成特定的形质，这就是每一类物的特定气质，也就是某一种类之物的属性，所以这就是各物属性不同的原因 。
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