当初，始皇帝尊重宠爱蒙氏兄弟，颇信任他们 。蒙恬在外担任大将，蒙毅则在朝中参与商议国事，称为忠信大臣，即便是高级将领或丞相，也没有敢与他们一争高低的 。赵高一生下来就被阉割了 。始皇听说他办事能力很强，且通晓刑法，便提拔他担任了中车府令，并让他教小儿子胡亥学习审理判决诉讼案 。胡亥非常宠爱他 。赵高曾经犯下大罪，始皇派蒙毅惩治他 。蒙毅认为赵高依法应被处死，但始皇因赵高办事灵活而赦免了他，并恢复了他的官职 。赵高既然素来得到胡亥的宠幸，恰又怨恨蒙氏兄弟，便劝说胡亥，让他诈称始皇遗诏命杀掉扶苏，立胡亥为太子 。胡亥同意了赵高的计策 。赵高又说：“这件事如果不与丞相合谋进行，恐怕不能成功 。”随即会见丞相李斯，说：“皇上赐给扶苏的诏书及符玺都在胡亥那里 。定立太子之事只在您我口中的一句话罢了 。这件事将怎么办呢？”李斯说：“怎么能够说这种亡国的话呀！此事不是我们这些为人臣子的人所应当议论的啊！”赵高道：“您的才能、谋略、功勋、人缘以及获扶苏的信任，这五点全部拿来与蒙恬相比，哪一点比得上他呢？”李斯回答：“都比不上他 。”赵高说：“既然如此，那么只要扶苏即位，就必定任用蒙恬为丞相，您最终不能怀揣通侯的印信返归故乡的结局已经是显而易见的了！而胡亥仁慈忠厚，是可以担当皇位继承人的 。希望您慎重地考虑一下，作出定夺！”丞相李斯听后认为赵高说的有理，便与他共同谋划，诈称接受了始皇的遗诏，立胡亥为太子，又篡改始皇给扶苏的诏书，指斥他多年来不能开辟疆土、创立功业，却使士卒大量伤亡，并且数次上书，直言诽谤父皇，日日夜夜地抱怨不能获准解除监军职务，返归咸阳当太子；而将军蒙恬不纠正扶苏的过失，并参与和了解扶苏的图谋 。因此令他们自杀，将兵权移交给副将王离 。
扶苏接到诏书，哭泣着进入内室，打算自杀 。蒙恬说：“陛下在外地，并未确立谁是太子 。他派我率领三十万军队镇守边陲，令您担任监军，这乃是天下的重任啊 。现在仅仅一个使者前来传书，我们就自杀，又怎么能知道其中不是有诈呢？！让我们再奏请证实一下，然后去死也不晚呀 。”但是使者多次催促他们自行了断，扶苏于是对蒙恬说：“父亲赐儿子死，还哪里需要再请示查实呢！”随即自杀 。蒙恬不肯死，使者便将他交给官吏治罪，囚禁在阳周；改置李斯的舍人担任护军，然后回报李斯、赵高 。胡亥这时已听说扶苏死了，便想释放蒙恬 。恰逢蒙毅代替始皇外出祈祷山川神灵求福后返回，赵高即对胡亥说：“始皇帝想要荐举贤能确定你为太子已经很长时间了，可是蒙毅一直规劝他，认为不可如此 。现在不如就把蒙毅杀掉算了！”于是逮捕了蒙毅，将他囚禁到代郡 。
皇室车队于是从井陉抵达九原 。当时正值酷暑，装载始皇遗体的凉车散发出恶臭，胡亥等便指示随从官员在车上装载一石鲍鱼，借鱼的臭味混淆腐尸的气味 。从直道抵达咸阳后，发布治丧的公告 。太子胡亥继承了皇位 。
九月，将始皇安葬在骊山皇陵，把铜熔化后灌入，堵塞住地下深处的水 。崐又运来各种奇珍异宝，藏满墓穴 。还下令工匠制作带有机关的弓弩，遇到穿入靠近墓穴的人，即自动射杀 。用水银做成百川、江河、大海，以机械灌注输送 。墓穴顶部布有天文图象，底部设置地理模型 。后宫嫔妃凡未生子女的，令她们全部陪葬 。下葬以后，有人说工匠们制造隐藏的机械装置，知道其中的全部秘密，如果他们再作第二重机关，就会将其中的秘密泄露出去 。于是待送终的大事完毕后，那些工匠即被尽数封闭在墓穴中 。
二世皇帝胡亥想要杀掉蒙恬兄弟二人，他哥哥的儿子子婴规劝说：“赵王赵迁杀李牧而用颜聚，齐国田建杀他前代的忠臣而用后胜，结果最终都亡了国 。蒙恬兄弟是秦国的重臣、谋士，陛下却打算一下子就把他们抛弃、除掉 。似此诛杀忠臣而扶立节操品行不端的人，是在内失去群臣的信任，在外使将士们意志涣散啊！”但是二世不听从劝告，随即杀掉了蒙毅，并要杀内史蒙恬 。蒙恬说：“我们蒙家自我的先人起直至子孙，在秦国建立功业和忠信已经三代了 。如今我领兵三十多万，身体虽然被囚禁，但我的势力仍然足以进行反叛 。可是我知道自己必定得死却还是要奉守节义，是因为我不敢辱没祖先的教诲，并表示我不忘先帝的大恩大德啊！”于是即吞服毒药自杀身亡 。
扬雄《法言》曰：有人问：“蒙恬赤胆忠心却被杀掉了，忠诚还有什么用呢？”回答说：“开山填谷修筑长城，西起临洮，东接辽水，威力不足而造成的尸体却有余，蒙恬的这种忠诚是不足为辅助君王的 。”

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