土地承包权流转纠纷的原因是：
1、因流转内容不合法引发的纠纷，土地承包经营权流转的前提是不能改变土地的农业用途 。
2、村委会随意调整土地产生的纠纷，部分农村地区，村委会随意调整土地现象比较严重 。
3、村委会对土地承包合同疏于管理引起的纠纷，村委会将属于本村的流动地对外发包给村集体以外的个人或组织 。
4、农地非农化过程中政府与农户间的纠纷 。
【法律依据】
根据《农村土地承包法》第七条，农村土地承包应当坚持公开、公平、公正的原则，正确处理国家、集体、个人三者的利益关系 。

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