蝙蝠在世界各地的生态系统中扮演着关键角色 ， 特别是在热带地区 。欧洲绝大多数种类的蝙蝠几乎只吃昆虫 。而在热带雨林中有蝙蝠以水果和花蜜为生 ， 这些蝙蝠通过这种方式帮助花卉传粉和播种 。许多植物依赖它们进行繁衍 ， 因此 ， 如果其种群下降 ， 热带雨林的自然更新就会受到威胁 。
蝙蝠传粉还给人类带来直接好处 。没有蝙蝠就没有龙舌兰酒 ， 它们帮助龙舌兰传粉 ， 特别是那些用于酿造酒精饮品的品种 。它们携带野生植物的花粉 ， 从而维持植物间相互传粉和基因多样性 ， 并令其更能抵抗环境变化 。它们捕食昆虫可为每公顷的农场节省约200美元的杀虫剂费用 。根据美国《科学》周刊刊登的一篇研究 ， 白鼻综合征对北美蝙蝠数量的影响可能意味着每年约37亿美元的经济损失 ， 如果算上减少使用杀虫剂给环境带来的益处的话 。

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