第一，从级别上来看，总督一般是正二品，但巡抚一般是从二品 。总督和巡抚都都有另加衔，但一般情况下，即使是有另加衔，总督另加“尚书衔”，兼都察院右都御史 。而巡抚却为“侍郎衔”，兼都察院右副都御史 。
第二，巡抚一般仅负责一个省的行政事务 。尽管清朝全国有23个省，但总督只设有八名，通常都会管理数省 。
第三，督抚、巡抚虽然没有名义上的隶属关系，但是，如果一旦出现督抚同城的情况，巡抚不得不处处小心 。所以，相对而言，当时，也只有河南巡抚因为它上无总督，而被誉为巡抚当中的第一肥缺 。
第四，总督侧重军事，巡抚侧重民政 。

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