在清洗金刚菩提新籽的时候 ， 首先要放在温热水里浸泡几个小时 ， 这样可以软化里面的果肉或者果皮 。再用硬毛刷将每个部位刷洗干净 ， 之后换水浸泡 ， 用猪毛刷重新刷洗几次 ， 清洗干净后放在阴凉的背光处晾干即可 。
1、浸泡处理在清洗金刚菩提新籽的时候 ， 由于刚买来的新籽上面多少会残留一些果肉或者果皮 ， 这时候先将其放在温热水中浸泡几个小时 ， 让里面的渣滓得到充分软化 ， 但不宜在里面加入任何的强碱性的清洁剂 ， 以免引起腐蚀 。
2、重复刷洗等浸泡几个小时后 ， 再用硬毛刷或者钢丝刷以垂直的角度平刷几次 ， 还要将每个缝隙仔细刷洗几次 ， 这样能达到深度清洁的效果 ， 之后将其放在清水中浸泡 ， 用手不停的搅拌后 ， 再用硬毛刷重新刷洗几次即可 。
3、阴干处理等清洗干净后 ， 将其捞起来放在干净的毛巾上仔细揉搓 ， 再放在阴凉的背光出晾干 ， 等它完全干透后才可以放在手心上盘玩 ， 但不可直接放在太阳底下晾晒 ， 否则容易导致内部结构失去水分 ， 从而出现干裂的现象 。