1、同位素标记法用的某个元素的同位素作为标记，荧光标记法使用荧光蛋白等荧光物质作为标记 。如果再进一步，可以说前者多为原子水平的标记，后者多是分子水平的标记 。
2、同位素分两类，稳定性同位素和放射性同位素 。区别在于，稳定性同位素几乎测不到放射性，因此不能用放射性来检测，实际操作中多使用质量变化的方法来检测 。新版教材中关于同位素标记法的表述中特别强调了18O，15N没有放射性 。
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