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保护面临三重挑战
中国林业生态摄影协会主席、北京林业大学教授陈建伟指出，保护区大部分属于深切割的构造侵蚀高山和中山，山体高耸、地势陡峭、气温寒冷、土壤瘠薄，植物生长及植被的发生、发展和演替过程非常缓慢，极端脆弱的生态环境，致使植被一旦破坏，极难恢复。
基层干部也反映，尽管高黎贡山生物多样性保护取得积极成效，但仍面临一些挑战。
首先，珍稀物种濒危。高黎贡山珍稀濒危特有动植物较多，因分布范围狭窄，略遭破坏就可能陷入濒危状态甚至灭绝。天行长臂猿（高黎贡白眉长臂猿）是唯一一种由中国科学家命名的类人猿，为国家一级重点保护动物，在国内种群数量不足150只，比大熊猫还稀有，仅分布于高黎贡山自然保护区等狭小区域。蔺汝涛说，天行长臂猿实行“一夫一妻”制，一个家庭一般只在300公顷范围内活动，组成家庭较难，已出现近亲繁殖、种群退化现象。
其次，生态环境复杂，生物安全和生态风险不容忽视。采访人员调研发现，经过多年严格保护，高黎贡山自然保护区内人为活动有所减少，但近年人口增多、交通网络不断覆盖等，导致自然环境遭到破坏，动植物栖息地不断减少，且保护区地处边境，给资源保护带来较大压力。此外，由于人员流动、物流运输、自然因素及引种不当、缺乏管理，导致外来物种入侵，对自然生态系统的结构和功能构成威胁。
第三，基础设施有待完善，监测巡护难度大。随着国家在生态建设和自然保护方面投入加大，通过实施各类项目，保护区基层站点建设和基础设施条件有所提升，已基本具备对辖区资源实施常规管护的基础条件。近年，保护区开展巡护道路修缮及巡护样线、样地确定工作，完成了巡护监测体系建立工作，资源巡护、监测与管护工作逐步规范，管理体系不断健全。
但基层干部反映，保护区主要经费来源为财政拨款，其他资金支持有限，基础设施建设依然滞后，特别是怒江州属于刚脱贫的边远地区，地方财政支付能力有限。采访人员在怒江管护局泸水管护分局洛本卓管护站见到，该站办公用房老旧，墙体是30多年前用水泥石头砌成的，几年前重新修过屋顶。洛本卓管护站一位工作人员说，现在部分巡护点未通电，一些巡护哨卡只是搭了简易房，监测巡护条件艰苦。同时，每位巡护员都有划定的巡护区域，但工资低、留人难、人手不足等原因，影响了一些条件恶劣、不通路的高海拔地区的巡护工作。
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