1941年初苏军举行了一次军事演习 ， 巴甫洛夫在模拟战中一鼓作气的葬送了西部军区和他自己 ， 朱可夫从哥罗德诺北部和布列斯特南部突破防线并一举包围了巴甫洛夫的大部分兵力 。然而当朱可夫指出他的部署缺陷时 ， 巴甫洛夫却狡辩战争就是游戏 ， 输赢全看运气 ， 再一次拒绝了改正自己的缺陷 。
当战争距离爆发还有不足一周的时间 ， 铁木辛哥打电话给巴甫洛夫警告他提供警惕并做好战斗准备 ， 但巴甫洛夫牢记了斯大林叮嘱过他的那句“不要刺激德国人 ， 不要给德国人进攻留下口实”因而错过了进入防御的最佳时机 。直到战争爆发2天前巴甫洛夫才草草的下令为前沿部队提供武器弹药 ， 结果由于他将大量的卡车锁在仓库里 ， 许多卡车因为缺乏足够的维护保养而无法出动 ， 弹药的运输直到战争爆发时也没有完成 。
唯一值一提的是巴甫洛夫在战争爆发大约两小时前终于鼓起了勇气下令前沿部队进入警戒状态 ， 并下令所有前沿指挥官拆开“红色文件包”准备战斗 。
三、法庭上的最后一刻
1941年6月22日 ， 巴甫洛夫的克星——德国汉斯对苏联发动了闪电战 ， 德军中部军群的主要进攻力量果然沿着哥罗德诺北部和布列斯特南部发动了突击 ， 巴甫洛夫就如同教科书一般在这两个位置遭遇了失败 ， 紧跟着他又像41年初演习一般的抢在“第三号指令”下发前下达了反击命令 ， 并葬送了西方面军的主要机械化力量 。
德军在突破苏联西部军区的防御阵地以后立刻向明斯克方向前进 ， 并在短短一周内合围了明斯克 ， 将苏联西方面军大约80%的兵力包围在了明斯克以西 ， 巴甫洛夫最初寄希望于发动反击破解德军设下的局 ， 然而数次反击都如同飞蛾扑火一般白白的葬送了宝贵的兵力 。当他发现整个白俄罗斯的局势已经无力回天以后下发了命令部队向东部突围的命令 ， 尽管他走出了军事生涯上最艰难的一步 ， 但是很多部队在突围中遭到了德军机械化部队的打击而覆灭 。
摇摇欲坠的明斯克最终还是在6月28日被德军攻陷 ， 巴甫洛夫只能踉跄的乘坐飞机逃出了包围圈 。在莫斯科机场迎接巴甫洛夫的是伏罗希洛夫和沙波什尼科夫 ， 据说巴甫洛夫一下飞机就吓得脸色发白 ， 两年前他曾经写信给斯大林 ， 指责他们二人能力与职务不匹配 。(这件事属于坊间传闻 ， 真伪性存疑 。)
巴甫洛夫在莫斯科并没有立刻受到逮捕 ， 斯大林并没有接见他 ， 只是让他起草一份关于西方面军失败的报告 ， 随后任命他为铁木辛哥元帅的副手让他重返西方面军协助老元帅指挥斯摩棱斯克—墨吉墨吉廖夫保卫战 。但是巴甫洛夫在7月4日的时候还是被逮捕了 ， 3天后他被送上了苏联军事法庭 。
在法庭上巴甫洛夫对自己的失败进行了解释 ， 他宣称自己的失败并非完全由于指挥失误造成的 ， 在西北波罗的海特别军区的库茨涅佐夫陆军上将应当对西部军区的失败负有至少50%的责任 ， 因为库茨涅佐夫陆军上将过早的将军队后撤导致哥罗德诺与立陶宛交界地带的防御被德军突破 。
而巴甫洛夫声称自己尽了一切努力尝试封锁德军的突破口 ， 但他失败了 。只是失败并非是因为他的指挥失误 ， 而是战况瞬息万变 ， 西部军区的电话通讯遭到了破坏 ， 他无法了解到德军的详细情报 。(战争前三天西部军区电话线就被破坏了 ， 但巴甫洛夫并没有提高警惕而是放任自流 。)
巴甫洛夫在长达数个小时的审讯中否认了一切指控 ， 他回避了西方面军到底为何一溃千里的提问 ， 反复强调自己在努力阻挡德军并强调自己在战争爆发前并没有得到进入战备状态的命令 。他还请求允许他面见斯大林 ， 但军事法庭驳回了巴甫洛夫的请求 ， 尽管他们没有为难他 ， 但是巴甫洛夫还是被关押了足足一个礼拜 。
巴甫洛夫在牢狱之中虽然没有受什么“特别对待” ， 但除了朱可夫没有一人来看望过他 ， 据说朱可夫对他表达了失望和爱莫能助 。在第二次审理中 ， 巴甫洛夫一改之前的态度 ， 他在走上被告席位后突然承认自己勾结德军导致数十万苏军将士白白牺牲 ， 并希望能够承担所有的罪名 。