成化七年（1471年），将石康县并入合浦县，廉州府辖钦州和合浦、灵山2县 。
       清顺治元年（1644年），廉州府辖钦州和合浦、灵山2县，驻地合浦县城，隶属广东行省 。光绪十四年（1888年），钦州升为直隶州 。廉州府辖合浦、灵山2县 。
       光绪二十年（1894年）以后，划出遂溪县的涠洲岛隶属合浦县 。光绪三十二年（1906年），廉州府隶属廉钦道 。
       宣统三年（1911年）八月，将廉钦道改称钦廉军政府 。廉州府属钦廉军政府，仍辖合浦、灵山2县，驻地合浦县城 。
       中华民国元年（1912年），撤销廉州府 。合浦县直属钦廉军政府辖 。同年钦廉军政府改称钦廉绥靖处 。合浦县隶属钦廉绥靖处 。3年撤销钦廉绥靖处，改设钦廉道，合浦县隶属钦廉道 。9年撤销钦廉道，合浦县直属广东省 。19年合浦县隶属广东省南区绥靖公署（驻地今茂名市） 。25年合浦县隶属广东省第八区行政督察专员公署 。
        解放后1949年合浦县隶属广东省南路专区 。1950年合浦县改属广东省钦廉专区 。1951年合浦县隶属广东省钦州专区，同年5月10日将合浦县辖的东镇、西镇、高德乡、涠洲乡设北海市 。1952年合浦县隶属广西省钦州专区 。同年5月31日将合浦县北部析置浦北县 。1953年钦州专署迁合浦县廉州镇 。
1955年钦州专区划归广东省，改称合浦专区，合浦县属合浦专区 。1958年撤销合浦专区，将所属县市并入广东省湛江专区 。合浦县属湛江专区，同时将北海市和浦北县并归合浦县 。1959年6月设北海镇（县级），1965年复设浦北县，同属广西壮族自治区钦州专区 。1970年钦州专区改称钦州地区，合浦县属钦州地区 。1987年7月合浦县划归北海市管辖 。1988年3月被国务院批准为沿海开放县 。1994年12月，划出南康镇、营盘镇设立北海市铁山港区，划出福成镇归北海市银海区管辖 。

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